Nasceu na cidade de Lima, Peru, nos dia 9 de dezembro do ano 1579. Foi filho do Juan de Porres, cavalheiro espanhol da Ordem de Calatrava, e da Ana Velásquez, negra livre panamenha.
Martín é batizado na igreja de São Sebastián, onde anos mais tarde Santa Rosa de Lima também o fora.
São misteriosos os caminhos do Senhor: foi um santo quem o confirmou na fé de seus pais. Foi Santo Turíbio de Mogrovejo, primeiro arcebispo de Lima, quem fez descender o Espírito sobre seu moreno coração, coração que o Senhor foi fazendo manso e humilde como o de sua Mãe.
Aos doze Martín ingressou como aprendiz de cabeleireiro, e assistente de um dentista. A fama de sua santidade corre de boca em boca pela cidade de Lima.
Martín conheceu o frade Juan de Lorenzana, famoso dominicano como teólogo e homem de virtudes, quem o convida a entrar no Convento de Nossa Senhora do Rosário.
As leis naquele tempo lhe impediam de ser religioso pela cor e pela raça, por isso Martín de Porres ingressou como Doado, mas ele se entrega a Deus e sua vida está presidida pelo serviço, a humildade, a obediência e um amor sem medida.
São Martín tem um sonho que Deus lhe desbarata: "Passar desapercebido e ser o último". Seu desejo mais profundo sempre é de seguir a Jesus. Confia-lhe a limpeza da casa; por isso a vassoura será, com a cruz, a grande companheira de sua vida.
Serve e atende a todos, mas não é compreendido por todos. Um dia cortava o cabelo de um estudante: molestado diante do melhor sorriso de Frei Martín, não duvida em insultá-lo: Cão mulato! Hipócrita! A resposta foi um generoso sorriso.
São Martín já estava há dois anos no convento, e fazia seis que não via a seu pai, este o visita e… depois de dialogar com o P. Provincial, deste e o Conselho do Convento decidem que Frei Martín se converta em irmão cooperador.
Em 2 de junho de 1603 se consagra a Deus por sua profissão religiosa. O Pe. Fernando Aragonés declarará: "exercitava-se na caridade dia e noite, curando doentes, dando esmola a espanhóis, índios e negros, a todos queria, amava e curava com singular amor". A portaria do convento é um rastro de soldados humildes, índios, mulatos, e negros; ele estava acostumado a repetir: "Não há satisfação maior que dar aos pobres".
Sua irmã Juana tinha boa posição social, por isso, em um imóvel dela, dava proteção a doentes e pobres. E em seu pátio acolhe a cães, gatos e ratos.
Logo a virtude do moreno deixou de ser um segredo. Seu serviço como enfermeiro se estendia desde seus irmãos dominicanos até as pessoas mais abandonadas que podia encontrar na rua. Sua humildade foi provada na dor da injúria, inclusive de parte de alguns religiosos dominicanos. Incompreensão e invejas: caminho de contradições que foi assemelhando ao mulato a seu Reconciliador.
Os religiosos da Cidade Virreinal vão de surpresa em surpresa, por isso o Superior o proíbe de realizar nada extraordinário sem seu consentimento. Um dia, quando retornava ao Convento, um pedreiro lhe grita ao cair do andaime; o Santo lhe faz gestos e corre a pedir permissão ao superior, este e o interessado ficam cativados por sua docilidade.
Quando viu que se aproximava o momento feliz de ir gozar da presença de Deus, pediu aos religiosos que lhe rodeavam que entoassem o Credo. Enquanto o cantavam, entregou sua alma a Deus. Era 3 de novembro de 1639.
Sua morte causou profunda comoção na cidade. Tinha sido o irmão e enfermeiro de todos, singularmente dos mais pobres. Todos se disputavam por conseguir alguma relíquia. Toda a cidade lhe deu o último adeus.
Seu culto se estendeu prodigiosamente. Gregório XVI o declarou Beato em 1837. Foi canonizado por João XXIII em 1962. Recordava o Papa, na homilia da canonização, as devoções em que se distinguiu o novo Santo: sua profunda humildade que o fazia considerar a todos superiores a ele, seu zelo apostólico, e suas contínuas insônias por atender a doentes e necessitados, o que lhe valeu, por parte de todo o povo, o formoso apelativo de "Martín da caridade".
Sua festa se celebra em 3 de Novembro.