De família italiana, nasceu em Zaragoza (Espanha) em 1737. Ingressou na comunidade jesuíta e começou a trabalhar no apostolado de sua Comunidade, especialmente em ensinar catecismo às crianças e aos prisioneiros. Em 1767 a maçonaria mundial estabeleceu um acordo para pedir a todos os governantes que expulsassem de seus países os padres Jesuítas. O rei Carlos III da Espanha expulsou do território espanhol e de suas respectivas colônias todos os jesuítas, obedecendo às ordens maçônicas.
O Padre José Pignatelli e seu irmão por pertencerem a uma família aristocrática receberam a oferta de poder ficar na Espanha, mas com a condição de renunciar a sua vocação jesuíta; os irmãos não aceitaram e preferiram o exílio na Ilha de Córsega. Entretanto, os franceses invadiram a ilha, e ambos também foram expulsos do lugar.
Em 1774, Clemente XIV, por petição dos reis espanhóis emitiu um decreto suprimindo a Companhia de Jesus; como resultado do decreto, aproximadamente 23 mil jesuítas foram obrigados a abandonar seus respectivos conventos e mosteiros. São José Pignatelli junto com seus demais companheiros obedeceram humildemente e durante os 20 anos seguintes suportaram pacientemente sofrimentos e humilhações.
Mais adiante, o santo com permissão do Papa Pio VI se filiou aos jesuítas que estavam na Rússia e com a ajuda deles começou a organizar os jesuítas na Itália. Conseguia vocações e mandava os noviços à Rússia para sua formação e preparação. O chefe dos jesuítas da Rússia o nomeou provincial da comunidade na Itália, e o Papa Pio VII aprovou essa nomeação. Assim a comunidade começava a renascer outra vez, embora fora a passo lento e em segredo. O santo orava e trabalhava sem descanso por conseguir que sua Comunidade voltasse a renascer, e em 1804 obteve com grande alegria que no reino de Nápoles fora restabelecida a congregação. Com pouco tempo e com as generosas ajudas que lhe enviavam seus familiares conseguiu restabelecer conventos jesuítas em Roma, Palermo, Orvieto e Cerdeña.
A poucos meses de conseguir a aprovação Pontifícia e assim restabelecer a Companhia do Jesus, o Padre José faleceu em 1811. Três anos depois, livre do exílio de Napoleão, o Papa Pio XI retorna a Roma e decreta instituída a Companhia de Jesus no mundo.
