Aos 21 anos foi recebido como religioso na comunidade de Padres Carmelitas, e obteve a permissão de observar os regulamentos com toda a exatidão possível sem procurar exceções em nada. Ao ser ordenado sacerdote em 1567, pediu a Deus como especial presente que o conservasse sempre em graça e sem pecado e que pudesse sofrer com todo valor e com muita paciência toda classe de dores, penas e enfermidades.
Santa Teresa tinha baseado a comunidade das Irmãs Carmelitas Descalças e desejava fundar também uma comunidade de Padres Carmelitas que se dedicava a observar os regulamentos com a maior exatidão possível. Enquanto isso nosso santo pedia a Deus que lhe iluminasse um modo de viver tão fervoroso que o levasse logo à santidade. E eis aqui que ao encontrá-los dois Santos, descobriu Santa Teresa que este era o indicado para começar sua nova comunidade e com outros dois frades fundou sua nova comunidade de Carmelitas descalços. Enviou-os a viver a um convento muito pobre, chamado Duruelo.
Ao fundar seu novo convento em Salamanca, foi nomeado como reitor Frei Juan da Cruz, dedicando-se com todas suas forças ao apostolado.
Deus lhe tinha concedido uma qualidade especial: a de saber ensinar o método para chegar à santidade. E isso que ensinava de palavra a pessoas que dirigia, foi escrevendo e resultaram uns livros tão importantes que lhe conseguiram que o Sumo Pontífice o tenha declarado Doutor da Igreja. Alguns de seus livros mais famosos som: "A ascensão do Monte Carmelo", e "A noite escura da alma".
Como poeta foi admirado por séculos por causa da musicalidade de suas poesias e da beleza de seus versos. É muito popular seu "Cântico Espiritual".
Depois de três meses de sofrimentos muito agudos, o santo morreu em 14 de dezembro do ano 1591. Logo que tinha 49 anos.
