Nasceu em 1581 na Espanha, e desde menino mostrou grandes qualidades de inteligência e de espírito, sendo destinado por seus pais ao serviço da Igreja. Ao terminar seus estudos na universidade de Barcelona, e após receber as ordens menores, o santo foi aceito pela Companhia de Jesus.
Graças à influência e conselhos de São Alfonso Rodríguez -porteiro do mosteiro jesuíta onde São Pedro vivia- o santo decidiu abandonar a Espanha em 1610 para assumir as missões de evangelização nas Índias Ocidentais, especificamente na colônia de Nova Granada, hoje república da Colômbia.
Em 1615 foi ordenado sacerdote em Cartagena, e foi aí onde o santo, ao ver a entrega e serviço do Pe. Alfonso Sandoval pelos milhares de escravos negros provenientes da África, tomou a decisão de converter-se em " escravo dos negros para sempre" e em que apesar de seu acanhamento e falta de confiança em si mesmo, o santo se entregou a aquela missão com tenacidade e muito entusiasmo. Seus trabalhos começavam com a visita quase diária aos barracos no porto, onde conversava e pregava a palavra de Deus, obtendo a conversão e o batismo de milhares deles. Além disso, atendia a numerosos doentes e moribundos, a quem levava remédios e mantimentos, e aos meninos, alguns doces e balas. Sua obra evangelizadora também se estendeu pelos vales e fazendas onde o santo ia pregar e velar pelo cuidado de seus "negros", não sem antes vencer dificuldades e penúrias por parte dos fazendeiros.
A intensa atividade do santo deteriorou sua saúde, e logo depois de benzer a seu sucessor em sua missão, apostólica faleceu em 8 de setembro de 1654, dia da Natividade de Nossa Senhora, e em meio de grandes mostra de amor e carinho popular. Foi canonizado em 1888, ao mesmo tempo que seu grande amigo São Alfonso Rodríguez.
